เช่นเดียวกับระบบไบเออร์ ยังมีตัวเลขในระบบแฟลมสตีดบางส่วนที่เลิกใช้แล้วเนื่องจากกลุ่มดาวเปลี่ยนไป

ดาวที่ถูกบันทึกอยู่ในระบบแฟลมสตีดบางส่วนนั้นก็ไม่อาจระบุตัวตนได้ว่าหมายถึงดาวดวงไหน หนึ่งในนั้นคือดาวที่ถูกตั้งชื่อว่า 34 Tauri ในกลุ่มดาววัว ซึ่งถูกสังเกตการณ์เห็นในปี 1690 โดยที่ตอนนั้นถูกเข้าใจว่าเป็นดาวฤกษ์ แต่ต่อมาจึงรู้ว่าเป็นดาวยูเรนัสซึ่งอยู่ในตำแหน่งนั้นในตอนนั้นพอดี และอีกดวงหนึ่งที่หาไม่เจอคือดาวที่ถูกตั้งชื่อว่า 3 Cassiopeiae ในกลุ่มดาวค้างคาว ซึ่งเชื่อว่าน่าจะมาจากการที่สังเกตเห็นมหานวดาราที่เกิดขึ้นในตอนนั้นพอดี เนื่องจากตำแหน่งของดาวดวงนั้นที่ระบุไว้ปัจจุบันมีซากของมหานวดาราอยู่

ดาวบางส่วนที่อยู่ค่อนไปทางซีกฟ้าใต้มาก ๆ ก็มีในระบบแฟลมสตีด เช่น 82 Eridanus ซึ่งได้รับการตั้งชื่อโดยเบนจามิน กูลด์ ใน Uranometria Argentina ซึ่งถูกเพิ่มเข้าไปตอนหลัง

อย่างไรก็ตาม 47 Tucanis (กระจุกดาวทรงกลม) ไม่ใช่หมายเลขแฟลมสตีด แต่เป็นหมายเลขในสารบัญแฟ้มของดาวที่สร้างโดยโยฮัน เอเลิร์ท โบเดอ